同年十月初六日，康熙帝征詢諸大臣意見，權臣刑部尚書明珠認為：若以一人領兵進剿，可得行其志，兩人同往，則未免彼此掣肘，不便于行事 。照議政王所請，不必令姚啟圣同往，著施瑯一人進兵，似乎可行 ?？滴跛鞗Q定由施瑯統一指揮 。十月二十日姚施接到兵部密令：總督姚啟圣停止進剿，提督施瑯如無機會，仍操演兵丁，若有可進機會，統伊所派船兵，相機進取臺灣 。至此，施瑯終于爭得統一指揮權 。
康熙帝得知了前線紛爭的情況，為了統籌全局、加速決戰，便再次進行了人事格局的調整 。此次作戰事務全部歸施瑯負責，而后勤供應則委托給姚啟圣 。1682年十一月初三，施瑯率領約21000人，軍艦238艘前往興化訓練軍隊，為接下來的渡海作戰做好準備 。興化的這次訓練軍容甚盛，可謂集結了清朝水師的精銳，看上去臺灣已經唾手可得了 。
慢著，那邊姚啟圣被架空了去搞后勤心里能樂意，自然是不會安心服務的 。于是姚啟圣轉向了臺灣鄭氏談判，希望避免戰功都被施瑯個人獨占 。不過巧合的是臺灣鄭氏那邊的劉國軒不接受清朝剃發易服的要求，因此由姚啟圣操刀的兩岸談判最終破裂，一切又回到了原點，還是要靠施瑯解決鄭氏問題 。
施瑯這個人從某種意義上也是反復不定的騎墻派，他曾兩度降清，上《邊患宜靖疏》，強調不能容許鄭經等人頑抗，盤踞臺灣，而把五省邊海地方劃為界外，使得東南地區賦稅缺減，人民愈加貧困;必須速討平臺灣，裁減當地的軍隊，恢復地方上的經濟，增加賦稅，使得民生得以安定，邊疆可以安穩 。
施瑯屢次提出臺灣不能輕易拋棄，應該盡早收復，是基于他對東南沿海地理、軍事的熟諳 。當然也不排除施瑯本人對鄭氏集團的私人仇恨，因為在他降清以后，他的父親、弟弟等親戚都被殺害，可謂是不共戴天之仇，從這一點上攻臺的施瑯倒是和當年從荷蘭人手中收復臺灣的鄭成功十分類似 ?？滴醵炅律涎?，施瑯調集各種戰船三百余艘，官兵二萬一千余人，在銅山集中，迅速完成戰前各種編組工作，十三日祭江，十四日辰時乘南風向澎湖出航 。
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這邊施瑯練兵精武，意在報仇揚威，另一方面鄭氏名將劉國軒也沒有閑著 。他在談判破裂后就積極準備澎湖防御設施，準備打擊任何敢于進攻的清軍 。當時澎湖的軍事防備是如何呢?根據張菼在《鄭經鄭克塽紀事》中，對于劉國軒如何部署澎湖防御有記述如下：到娘媽宮，乘快哨巡三十六嶼既，城娘媽宮，外設女墻、壕塹，多置大炮，風柜尾、四角山、雞籠嶼、中心灣、虎井、桶盤嶼各設炮臺一，東峙、西峙、內外塹各設炮臺二，八冪嶼、水垵澳等有礁石、沙線，無須設守 。可見劉國軒在澎湖各島建立了嚴密的島嶼聯防體系，依托大炮群、女墻、壕塹，構筑了立體縱深的防線，想要從澎湖正面突破似乎并不容易 。何況外圍還有無數的礁石、沙線，更讓戰船極易觸礁翻覆 。
劉國軒的能攻善守也得到了施瑯的認可，后來施瑯在其戰后捷報中曾概述如下：今年四五月知臣乘南風決計進剿 。就臺灣賊伙選拔精壯敢死者，及抽調草地佃丁民兵，將洋船改為戰船 。凡各偽文武等官所有私船盡行修整調集來澎湖 。大小炮船、鳥船、趕繒船、洋船、雙桅船合計兩百余號 。賊伙二萬余眾 。仍將偽鎮營等官兵各眷口，監羈臺灣紅毛、赤嵌二城，堅其死戰 。
劉國軒親統傾巢之眾，復來澎湖，將娘媽宮嶼頭上下添筑炮城二座，風柜尾炮城一座，四角山炮城一座，雞籠山炮城一座，東西峙內一列炮臺四座，西面內外塹，西嶼頭一列炮臺四座，中心灣山頭頂炮臺一座 。凡沿海之處，小船可以登岸者，盡行筑造短墻安置腰銃，環繞二十余里，分遣賊眾死守 。星羅棋布，堅如鐵桶 。金湯一般的防御，施瑯如何能夠突破是個大問題，且看雙方決戰 。
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