直腸炎可以服用氨基水楊酸類藥物、糖皮質激素、免疫抑制劑、生物制劑等，或者是微生態制劑，如復方嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌、酪酸菌等藥物進行治療，這些藥物都可以使直腸炎黏膜得到治愈，但很容易復發 。因為直腸炎常見于潰瘍性結腸炎，是一種多因素引起的，與自身免疫異常相關的慢性反復發作性的腸道炎癥 ， 常需要治療兩年以上，有些患者需要終身維持治療 。
【直腸炎能用哪類藥物治療】患者平時飲食要清淡，盡量避免辛辣、油膩、冷凍食物，急性發作期要給予全流或半流質飲食，并且要給予充分的休息 ， 待病情好轉之后可以改為少渣、富營養的食物，要戒煙戒酒，并遵醫囑長期服藥，不要擅自停藥，要定期隨訪，定期復查腸鏡 。
