防止玉米串粉混雜，保持優良自交系的純度和雜交種質量 。在隔離條件下，繁育自交系和配制雜交種的地塊 ， 稱為隔離區 。繁育玉米良種如何選擇隔離區和隔離方式呢？一般以有下四種 。
1、空間隔離空間隔離又稱距離隔離 。利用距離避開外來的花粉 ， 達到安全隔離的目的，是一般常用的隔離方法 。隔離的距離，對繁育自交系要求嚴格 ， 必須在500米以上；
配制雜交種也必須在300米以上 。在這個隔離距離之內，不能種植任何其它玉米 。還應注意地勢和風向，在隔離區的地勢較低或地處在下風位置時 ， 隔離區的距離還應適當增加 。
2、時間隔離把隔離區的玉米提早或推遲播種 ， 使其花期和鄰近其它玉米品種花期錯開 ， 達到安全隔離的目的 。例如在種植夏玉米地區，當繁育玉米自交系或配制雜交種時 ， 可采用春播隔離 。
若同為春播，兩者的播種期應錯開30天 。先種早熟種，后種晚熟種 。同時還要注意把隔離區和鄰近地塊玉米的花期錯開 。
3、屏障隔離就是利用山峰、樹林、竹林、村莊、房屋等自然屏障，阻擋外來的花粉，達到安全隔離的目的 。利用山溝，特別是四周環山的山坳作隔離區比較理想 。
4、作物隔離就是在隔離區的四周或某個側面，種植60行（行距0.7米）以上的高粱、向日葵等高稈作物，阻擋外來花粉 。這種隔離方式，只是在其他隔離方式不符合要求時作為一種輔助措施 。
高稈作物的播種期盡量提早，并要加強田間管理，以便在玉米雄穗開花散粉時，高稈作物的株高顯著超過玉米，才能確保安全 。
5、隔離區的設置隔離區的數目因配制雜交種類型的不同而異 。具體要求如下：
配制雙交種：每年需設7個隔離區，即繁殖4個自交系 ， 配制兩個單交種，配制一個雙交種 。
配制單交種，每年需設3個隔離區，即繁殖兩個自交系，配制一個單交種 。
【繁育玉米良種如何選擇隔離區和隔離方式】配制三交種：每年需設5個隔離區，即繁殖3個自交種，配制一個單交種，配制一個三交種 。如果在配制單交種、三交種的隔離區內，做到母本及時徹底去雄，父本去雜干凈，父本自交系仍能利用，就可以減少自交系繁殖隔離區的數目 。
繁殖自交系和配制雜交種面積，要根據雜交種的種植面積、播種量、種子產量、父母本行數的比例條件決定 。防止發生種子過剩造成積壓，或者因為種子數量不足而影響種子配套 ， 給生產造成損失 。
