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氫鍵越多穩定性相對越高 。如G和C堿基對三個氫鍵，A和T堿基對兩個氫鍵 ， 通常DNA分子中G和C比例高點，其穩定性比較高 。
【怎么判斷分子間氫鍵的穩定性】氫鍵不同于范德華力，它具有飽和性和方向性 。由于氫原子特別小而原子A和B比較大，因此A-H中的氫原子只能和一個B原子結合形成氫鍵 。同時由于負離子之間的相互排斥，另一個電負性大的原子B就難于再接近氫原子，這是氫鍵的飽和性 。
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