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初期【流行性乙型腦炎的主要臨床表現】起病急，主要表現為全身不適，頭痛、發熱，常伴有寒戰等癥狀 。體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、惡心和嘔吐，部分病人有嗜睡或精神倦?。?并有頸項輕度強直，病程1-6天左右 。
急性腦炎期此期最突出的特征是持續發熱，體溫高達39度-40度以上，多持續5-10天 ， 以后呈階梯下降 。應中樞神經感染加重，可出現意識障礙，如精神恍惚 ， 昏睡和昏迷等，驚厥或抽搐也比較常見，80%的患者有頸項強直表現 。
恢復期乙腦在恢復期體溫逐漸下降，精神、神經系統癥狀逐日好轉 。重癥病人仍神志遲鈍、癡呆、失語、吞咽困難、顏面癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉痙攣等 ， 少數病人也可有軟癱癥狀 ， 但經過積極治療大多數癥狀可在半年內恢復，少數重癥病人半年后仍有意識障礙、癡呆、失語及肢體癱瘓等精神神經癥狀，為后遺癥 。
重型乙型腦炎通常發熱在40度以上，有昏迷、驚厥、顯著的腦膜刺激征及神經系統的體征 。呼吸、循環均可發生衰竭 。休溫多迅速上升至39—40度甚至以上，發病初1—2天內有嚴重的頭痛、頭暈、疲倦、惡心、嘔吐、嗜睡或有煩躁不安、興奮，或表情呆板、對外界反應差 ， 眼結膜充血，瞳孔對光反應遲鈍，頸強直，嬰幼兒可出現前囟門凸出 。
約經過24—28小時病情更加嚴重，體溫可高達4I度以上，出現昏迷、驚厥，肢體呈強直性或遲緩性癱瘓 。在深度昏迷下，可出現大小便失禁或尿潴留 ， 甚至可至呼吸衰竭、死亡 。
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