1. 申請人將入臺證申請文件交給大陸代辦旅行社 。
2. 大陸旅行社初審通過后便將文件發放給臺灣對接的旅行社 。(申請爆量時，旅行社初審時間會拉長)
3. 臺灣旅行社將申請人文件輸入移民署的電腦系統中 。(申請爆量時，旅行社送件時間會拉長)
4. 申請件輸入后 ， 移民署電腦便會自動依照申請份數的多寡，將申請列入配額的排序中 ， 如當天申請件數累積已經超過一天配額5840的份數，則申請件會依序被歸到至下一個工作日的配額中 。
5. 每個工作日移民署會審核排到當日配額申請人的文件 ， 如審核通過，移民署便會通知臺灣旅行社去繳費出證，臺灣旅行社再通知大陸旅行社繳費 。(申請件數爆量的時候，這個繳費的流程常常會延誤，使得出證時間延長)
6. 如移民署審核后需要申請人補件，在48小時內補件成功，申請人配額不變 。如申請人沒有在48小時內補件，移民署便會取消此申請件 ， 退回給代辦旅行社 。
【達州入臺證配額辦理流程】
