感染性心內膜炎可以導致多個并發癥，最常見的并發癥是出現心臟的心力衰竭 。主要是由于瓣膜關閉不全引起，并且主動脈瓣受損患者最容易發生 。其次是二尖瓣和三尖瓣，如果瓣膜發生穿孔或者腱索斷裂，導致瓣膜急性關閉不全時可以誘發急性左心衰竭 。
【感染性心內膜炎最常見的并發癥是】另外 ， 感染性心內膜炎還可以引起心肌膿腫，誘發急性心肌梗死、化膿性心包炎、心肌炎等 。感染性心內膜炎還容易引起細菌性動脈瘤、遷移性膿腫，還會侵犯神經系統，引起腦栓塞、腦出血、腦膿腫、化膿性腦膜炎、中毒性腦病等 。此外，感染性心內膜炎還會導致腎栓塞、腎梗死、腎膿腫等 。
